โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เขียนและเรียกโดยย่อ อพ.สธ. ได้เริ่มดำเนินการตั้งแต่ปี 2536 ได้เชิญชวนให้หน่วยงานต่างๆ รักษาพื้นที่ในส่วนที่มีพืชพรรณดั้งเดิมขึ้นอยู่  เพื่ออนุรักษ์พันธุกรรมของพืชเหล่านั้นไว้  ด้วยตระหนักว่า พืชถึงแม้ว่าจะเป็นชนิดเดียวกัน  แต่เกิดมีมาแต่เดิมในที่ที่ห่างไกลกัน อยู่ในสภาพภูมิประเทศ ภูมิอากาศที่ต่างกัน ย่อมพัฒนาตามธรรมชาติเกิดเป็นกลุ่มพันธุกรรมที่ต่างกัน  ซึ่งอาจต่างในคุณสมบัติ พฤติกรรม กลุ่มพันธุกรรมหนึ่งของพืชชนิดหนึ่งอาจมีความเข้มหรือปริมาณโอสถสารมากหรือสูงกว่าของอีกพันธุกรรมหนึ่ง  ถึงแม้จะเป็นพืชชนิดเดียวกัน
 

          ในอีกส่วนหนึ่ง  ได้ส่งคณะสำรวจออกไปสำรวจ เพื่อทราบชนิดของพืชพรรณที่มีอยู่ในพื้นที่ต่างๆ บนผืนแผ่นดินทั่วประเทศ โดยเฉพาะพื้นที่นอกเขตการดำเนินงานของกรมป่าไม้ และได้รวบรวมพันธุกรรมพืชบางชนิดเพื่อนำไปปลูกรักษาไว้  ในพื้นที่ที่เห็นว่าปลอดภัย ในภูมิภาคต่างๆ ของประเทศ
          กับยังได้เชิญชวนให้คณาจารย์จากมหาวิทยาลัย รวมทั้งนักวิจัยจากรม กอง ต่างๆ ได้ร่วมกันศึกษาวิจัย เพื่อให้พืชพรรณเหล่านั้น เกิดเป็นประโยชน์แก่มหาชนชาวไทย
          การดำเนินงานในระยะ 5 ปีแรก  เป็นไปด้วยดี แต่พระราชดำริที่ได้พระราชทานไว้ตั้งแต่เริ่มโครงการฯ ที่จะให้มีการสำรวจศึกษาพืชพรรณที่กระจายอยู่ตามเกาะต่างๆ ก็ยังมิอาจกระทำได้  เพราะขาดความพร้อมหลายประการ
          จวบจนปี พ.ศ. 2541  กองทัพเรือเข้าสนองพระราชดำริ โดยเบื้องต้น กองทัพเรือได้น้อมเกล้าฯ ถวายการใช้พื้นที่เกาะแสมสารและเกาะข้างเคียงรวมทั้งหมด 9 เกาะ เข้าเป็นพื้นที่ดำเนินการ อันได้แก่ เกาะแสมสาร  เกาะแรด  เกาะฉางเกลือ  เกาะโรงโขน  เกาะโรงหนัง  เกาะจวง เกาะจาน เกาะขาม และเกาะปลาหมึก