โรคที่สำคัญสำหรับแปลงปลูกมะกอกโอลีฟในเขตเมดิเตอร์เรเนียน ได้แก่
1. โรค Tuberculosis (Olive knot) ที่เกิดจากการติดเชื้อ Pseudomonas savastanoi (Smith) ซึ่งก่อให้เกิดอาหารเป็นปมขึ้นที่กิ่งก้านและทำให้เกิดการเจริญเติบโตมากผิดปกติ โดยมีสาเหตุมาจากการตัดแต่งเป็นส่วนมากถ้ามีการตัดแต่งบ่อยก็มีผลให้เกิดการติดเชื้อที่แผลบริเวณที่ตัดได้ซึ่งเชื้อโรคนี้อาจติดมากับเครื่องมือและอุปกรณ์ที่ใช้ในการตัดแต่งกิ่งและอาจเข้าทางบาดแผลบนกิ่งหรือต้น ดังนั้นจึงมีการใช้สารพวก copper ทาหลังจากที่มีการตัดแต่งและให้ทำความสะอาดเครื่องมือและอุปกรณ์ที่ใช้ก่อนตัดแต่ง พันธุ์มะกอกโอลีฟที่อ่อนแอต่อเชื้อแบคทีเรียนี้ได้แก่ พันธุ์ Cornicabra

2. โรคที่เกิดจากเชื้อรา Cycloconium oleaginum ซึ่งทำให้เกิดอาการแผลบนใบในช่วงระหว่างฤดูใบไม้ผลิและฤดูใบไม้ร่วง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในช่วงที่มีฝนตกหรือความชื้นสูง เมื่อเชื้อรานี้เจริญขึ้นบนใบในระยะแรกแผลบนใบจะเป็นจุดเล็ก ๆ จากนั้นจะลุกลามแผ่ขยายขนาดแผลและทำให้ใบร่วง ซึ่งเป็นสาเหตุทำให้ผลผลิตลดลงในที่สุด พันธุ์มะกอกโอลีฟที่อ่อนแอต่อเชื้อรานี้ได้แก่ พันธุ์ Cailletier,พันธุ์ Lucques และพันธุ์ Tanche ทางแก้ไขคือแนะนำให้ฉีดพ่นสารเคมีป้องกันกำจัดเชื้อรา เช่น คูปาวิท(Cupravit;50%copper oxychloride) อัตรา 50-100 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร อย่างสม่ำเสมอ โดยฉีดพ่น 1 ครั้งต่อปีภายหลังการเก็บเกี่ยวผลผลิต (ปลายฤดูหนาว) หรือหลังการตัดแต่ง (ระหว่างเดือนพฤษภาคมถึงเดือนกรกฎาคม) หากไม่พบอาการ และฉีดพ่นทันทีที่เริ่มพบอาการ อย่างไรก็ตาม ไม่ควรฉีดพ่นสารเคมีป้องกันกำจัดเชื้อราในระหว่างการออกดอก
3. โรคราดำ เป็นโรคที่เกิดขึ้นบนแผ่นใบ ทำให้ลดพื้นที่การสังเคราะห์แสงและการหายใจของใบซึ่งมีผลทำให้ผลผลิตลดลงในที่สุด นอกจากนี้ราดำยังแพร่ลุกลามไปบนกิ่งและยอดมะกอกโอลีฟด้วย โดยปกติมักแพร่ระบาดได้ดีในช่วงที่อากาศเย็นและชื้น เมื่อใดสังเกตพบราดำนี้จะเป็นสัญญาณบ่งบอกว่าเริ่มมีแมลงชนิดหนึ่งเข้ามาแล้วคือเพลี้ยดำ แนวทางทางป้องกันกำจัดคือแนะนำให้ฉีดพ่นสารเคมีป้องกันกำจัดเชื้อรา คูปราวิท อัตรา 50 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร ในช่วงปลายฤดูหนาว ภายหลังการเก็บเกี่ยวผลผลิต หรือภายหลังการตัดแต่งกิ่งในช่วงต้นฤดูในช่วงฤดูใบไม้ผลิและต้นฤดูใบไม้ร่วง แต่ไม่แนะนำให้ฉีดพ่นในช่วงระหว่างการออกดอก หากหลังจากฉีดพ่นแล้วเกิดมีฝนตกนานกว่า 20 นาที แนะนำให้ฉีดพ่นอีกครั้งเนื่องจากฝนจะชะสารเคมีที่ฉีดพ่นออกไป หากเป็นช่วงระยะที่มีฝนตกค่อนข้างต่อเนื่องแนะนำให้ฉีดพ่นทุก 3 สัปดาห์